ประสิทธิภาพของการทดสอบการขยายกรดนิวคลีอิกสี่แบบเพื่อระบุ SARS-CoV-2 ในเอธิโอเปีย

ขอบคุณที่เยี่ยมชม Nature.com คุณกำลังใช้เบราว์เซอร์เวอร์ชันที่รองรับ CSS ได้อย่างจำกัด เพื่อประสบการณ์ที่ดีที่สุด เราขอแนะนำให้คุณใช้เบราว์เซอร์ที่อัปเดตแล้ว (หรือปิดใช้งานโหมดความเข้ากันได้ใน Internet Explorer) นอกจากนี้ เพื่อให้มั่นใจว่าการสนับสนุนจะดำเนินต่อไป เราจึงแสดงเว็บไซต์โดยไม่ใช้สไตล์และ JavaScript
แสดงภาพสไลด์แบบหมุนสามสไลด์พร้อมกัน ใช้ปุ่ม "ก่อนหน้า" และ "ถัดไป" เพื่อเลื่อนดูสไลด์สามสไลด์พร้อมกัน หรือใช้ปุ่ม "เลื่อน" ที่ท้ายสไลด์เพื่อเลื่อนดูสไลด์สามสไลด์พร้อมกัน
นับตั้งแต่การระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) ได้มีการพัฒนาชุดทดสอบการขยายกรดนิวคลีอิก (NAAT) เชิงพาณิชย์จำนวนมากทั่วโลกและกลายเป็นชุดทดสอบมาตรฐาน แม้ว่าจะมีการพัฒนาชุดทดสอบหลายชุดอย่างรวดเร็วและนำไปประยุกต์ใช้กับการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ แต่ประสิทธิภาพของชุดทดสอบเหล่านี้ยังไม่ได้รับการประเมินในหลากหลายสถานการณ์ ดังนั้น การศึกษานี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินประสิทธิภาพของชุดทดสอบ Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI และ Sansure Biotech โดยใช้มาตรฐานอ้างอิงแบบผสม (CRS) การศึกษานี้ดำเนินการที่สถาบันสาธารณสุขเอธิโอเปีย (EPHI) ระหว่างวันที่ 1 ถึง 30 ธันวาคม 2563 โดยได้สกัดตัวอย่างจากโพรงหลังจมูก 164 ตัวอย่างโดยใช้ชุดทดสอบ QIAamp RNA mini kit และระบบเตรียมตัวอย่างดีเอ็นเอของ Abbott จากตัวอย่าง 164 ตัวอย่าง พบว่า 59.1% ให้ผลบวก และ 40.9% ให้ผลลบสำหรับ CRS ความเป็นบวกของ Sansure Biotech ต่ำอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.05) ความเป็นบวกของ Sansure Biotech ต่ำอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.05) Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05) ผลลัพธ์เชิงบวกของ Sansure Biotech ลดลงอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเปรียบเทียบกับ CRS (p < 0.05)ที่ CRS 相比,Sansure Biotech ของ Sansure 阳性率显着较低（p < 0.05）。ที่ CRS 相比,Sansure Biotech ของ Sansure 阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05) Sansure Biotech มีผลลัพธ์เชิงบวกน้อยกว่าอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.05)ผลการวิเคราะห์ทั้งสี่แบบมีความสอดคล้องกันโดยรวม 96.3–100% เมื่อเทียบกับ CRS นอกจากอัตราการตรวจพบเชื้อบวกที่ต่ำของชุดทดสอบ Sansure Biotech แล้ว ประสิทธิภาพของชุดทดสอบทั้งสี่แบบยังใกล้เคียงกัน ดังนั้น ชุดทดสอบ Sansure Biotech [สำหรับการวิจัยเท่านั้น (RUO)] จึงจำเป็นต้องมีการตรวจสอบความถูกต้องเพิ่มเติมสำหรับการใช้งานในเอธิโอเปีย สุดท้ายนี้ ควรพิจารณาการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อประเมินชุดทดสอบที่มีคำกล่าวอ้างของผู้ผลิตที่เหมาะสม
การทดสอบในห้องปฏิบัติการเป็นส่วนหนึ่งของแผนยุทธศาสตร์เตรียมความพร้อมและรับมือกับโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (โควิด-19) ขององค์การอนามัยโลก (WHO) WHO แนะนำให้ประเทศต่างๆ พัฒนาขีดความสามารถของห้องปฏิบัติการเพื่อยกระดับความพร้อม การจัดการผู้ป่วยอย่างเหมาะสม การเฝ้าระวัง และการตอบสนองอย่างรวดเร็วต่อความท้าทายด้านสาธารณสุข สิ่งนี้ชี้ให้เห็นว่าบทบาทของห้องปฏิบัติการเป็นกุญแจสำคัญในการจำแนกโรคและระบาดวิทยาของเชื้อโรคติดต่ออุบัติใหม่ และการควบคุมการแพร่กระจายของเชื้อโรคเหล่านี้
การวินิจฉัยโรคโควิด-19 จำเป็นต้องอาศัยข้อมูลทางระบาดวิทยาและทางการแพทย์ อาการ/อาการแสดงส่วนบุคคล และข้อมูลทางรังสีวิทยาและห้องปฏิบัติการ2 นับตั้งแต่มีรายงานการระบาดของโรคโควิด-19 ในเมืองอู่ฮั่น ประเทศจีน ได้มีการพัฒนาวิธีการตรวจขยายกรดนิวคลีอิก (NAAT) เชิงพาณิชย์จำนวนมากขึ้นทั่วโลก ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสแบบถอดรหัสย้อนกลับแบบเรียลไทม์ (rRT-PCR) ถูกใช้เป็นวิธีการประจำและมาตรฐานสำหรับการวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการสำหรับการติดเชื้อ SARS-CoV-2 ในห้องปฏิบัติการ การตรวจหา SARS-CoV-2 ในระดับโมเลกุลโดยทั่วไปจะอาศัยยีน N (ยีนโปรตีนนิวคลีโอแคปซิด), E (ยีนโปรตีนเอนเวโลป) และ RdRp (ยีน RNA-dependent RNA polymerase) ในบริเวณ ORF1a/b (ยีน open reading frame 1a/b) ที่ระบุจากจีโนมของไวรัส ยีนเหล่านี้ถือเป็นบริเวณอนุรักษ์หลักที่พบในจีโนมของไวรัสสำหรับการจดจำไวรัส4 ในบรรดายีนเหล่านี้ ยีน RdRp และ E มีความไวในการตรวจจับการวิเคราะห์สูง ในขณะที่ยีน N มีความไวในการวิเคราะห์ต่ำ5
ประสิทธิภาพของการตรวจ PCR อาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายประการ เช่น รีเอเจนต์สกัด รีเอเจนต์เพิ่มปริมาณ/ตรวจหา วิธีการสกัด คุณภาพของเครื่อง PCR และเครื่องมืออื่นๆ ณ เดือนเมษายน พ.ศ. 2563 มีอุปกรณ์วินิจฉัยโรคโควิด-196 มากกว่า 48 ชนิดจาก 9 ประเทศที่ได้รับอนุญาตใช้งานฉุกเฉิน (EUA) สำหรับการวินิจฉัยโรคโควิด-196 ในประเทศเอธิโอเปีย มีการใช้แพลตฟอร์ม PCR แบบเรียลไทม์มากกว่า 14 แพลตฟอร์มสำหรับการตรวจหาเชื้อ SARS-CoV-2 ด้วย PCR ในสถาบันสาธารณสุข 26 แห่ง รวมถึง ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 และ Quant-studio7 นอกจากนี้ยังมีชุดตรวจ PCR หลากหลายชนิด เช่น ชุดตรวจ Daan Gene, ชุดตรวจ Abbott SARS-CoV-2, ชุดตรวจ Sansure Biotech และชุดตรวจ SARS-CoV-2 BGI แม้ว่า rRT-PCR จะมีความไวสูง แต่ผู้ป่วยโควิด-19 บางรายรายงานผลลบลวงเนื่องจากสำเนาของกรดไรโบนิวคลีอิก (RNA) ของไวรัสในตัวอย่างไม่เพียงพอ อันเนื่องมาจากการเก็บ การขนส่ง การจัดเก็บ และการจัดการที่ไม่เหมาะสม รวมถึงการทดสอบในห้องปฏิบัติการที่ไม่เหมาะสม นอกจากนี้ การจัดการตัวอย่างหรือกลุ่มควบคุมที่ไม่เหมาะสม การตั้งค่าเกณฑ์รอบ (Ct) และปฏิกิริยาข้ามกับกรดนิวคลีอิกก่อโรคอื่นๆ หรือ RNA ของ SARS-CoV-2 ที่ไม่ออกฤทธิ์/ตกค้าง อาจทำให้เกิดผลบวกลวงในการทดสอบ rRT-PCR9 ได้ ดังนั้น จึงเป็นที่แน่ชัดว่าการทดสอบ PCR สามารถระบุพาหะของชิ้นส่วนยีนได้ เนื่องจากไม่สามารถแยกแยะยีนไวรัสที่ออกฤทธิ์จริงได้ ดังนั้น การทดสอบจึงสามารถระบุพาหะได้เท่านั้น ไม่ใช่ผู้ป่วย10 ดังนั้น การประเมินประสิทธิภาพการวินิจฉัยโดยใช้วิธีมาตรฐานในบริบทของเราจึงเป็นสิ่งสำคัญ แม้ว่าจะมีน้ำยา NAAT จำนวนมากที่สถาบันสาธารณสุขเอธิโอเปีย (EPHI) และทั่วประเทศ แต่ยังไม่มีรายงานการประเมินประสิทธิภาพเชิงเปรียบเทียบ ดังนั้น การศึกษานี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินประสิทธิภาพการเปรียบเทียบของชุดตรวจหา SARS-CoV-2 โดยวิธี rRT-PCR ที่มีจำหน่ายในเชิงพาณิชย์โดยใช้ตัวอย่างทางคลินิก
การศึกษาครั้งนี้มีผู้เข้าร่วมที่สงสัยว่าติดเชื้อโควิด-19 ทั้งหมด 164 คน ตัวอย่างส่วนใหญ่มาจากศูนย์รักษา (118/164 = 72%) ในขณะที่ผู้เข้าร่วมที่เหลืออีก 46 คน (28%) มาจากศูนย์ที่ไม่ได้รักษา ในกลุ่มผู้เข้าร่วมที่ไม่ได้รักษาที่ศูนย์ มีผู้ป่วยสงสัยทางคลินิก 15 คน (9.1%) และมีผู้สัมผัสใกล้ชิดกับผู้ป่วยยืนยัน 31 คน (18.9%) ผู้เข้าร่วม 93 คน (56.7%) เป็นเพศชาย และอายุเฉลี่ย (± ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐาน) ของผู้เข้าร่วมคือ 31.10 (± 11.82) ปี
ในการศึกษานี้ ได้กำหนดอัตราการตรวจพบเชื้อโควิด-19 ทั้ง 4 สายพันธุ์ พบว่าอัตราการตรวจพบเชื้อเป็นบวกและลบจากการทดสอบ 4 สายพันธุ์ ดังนั้น อัตราการตรวจพบเชื้อเป็นบวกของชุดทดสอบ Abbott SARS-CoV-2, ชุดทดสอบ Daan Gene 2019-nCoV, ชุดทดสอบ SARS-CoV-2 BGI และชุดทดสอบ Sansure Biotech 2019-nCoV อยู่ที่ 59.1%, 58.5%, 57.9% และ 55.5% ตามลำดับ คะแนนมาตรฐานอ้างอิงรวม (CRS) บวกและลบอยู่ที่ 97 (59.1%) และ 67 (40.9%) ตามลำดับ (ตารางที่ 1) ในการศึกษานี้ นิยามของ CRS อ้างอิงจากกฎ “ผลบวกใดๆ” โดยจากผลการทดสอบ 4 สายพันธุ์ ผลการทดสอบ 2 สายพันธุ์หรือมากกว่าที่ให้ผลเหมือนกันจะถือว่าเป็นผลบวกหรือผลลบจริง
ในการศึกษานี้ เราพบว่ามีเปอร์เซ็นต์ความสอดคล้องเชิงลบ (NPA) เท่ากับ 100% (ช่วงความเชื่อมั่น 95% 94.6–100) สำหรับการวิเคราะห์ทั้งหมดเมื่อเทียบกับ CRS การวิเคราะห์โดย Sansure Biotechnology พบว่า PPA ขั้นต่ำอยู่ที่ 93.8% (ช่วงความเชื่อมั่น 95% 87.2–97.1) และการวิเคราะห์ Daan Gene 2019-nCoV มีคะแนนความสอดคล้องโดยรวมอยู่ที่ 99.4% (ช่วงความเชื่อมั่น 95% 96.6–99.9) ในทางตรงกันข้าม คะแนนความสอดคล้องโดยรวมระหว่างการทดสอบ SARS-CoV-2 BGI และการทดสอบ Sansure Biotech 2019-nCoV อยู่ที่ 98.8% และ 96.3% ตามลำดับ (ตารางที่ 2)
ค่าสัมประสิทธิ์ความสอดคล้องของโคเฮน (Cohen's kappa cohen) ระหว่างผลการทดสอบ CRS และ Abbott SARS-CoV-2 มีความสอดคล้องกันอย่างสมบูรณ์ (K = 1.00) เช่นเดียวกัน ค่า Kappa ของโคเฮนที่ตรวจพบโดย Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI และ Sansure Biotech 2019-nCoV ก็มีความสอดคล้องกันอย่างสมบูรณ์กับ CRS (K ≥ 0.925) ในการวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบนี้ การทดสอบไคสแควร์ (การทดสอบ McNemar) แสดงให้เห็นว่าผลการทดสอบ Sansure Biotech 2019-nCoV แตกต่างจากผลการทดสอบ CRS อย่างมีนัยสำคัญ (p = 0.031) (ตารางที่ 2)
ดังแสดงในรูป1 เปอร์เซ็นต์ของค่า Ct ต่ำสุด (< 20 Ct) ของการทดสอบ Abbott SARS-CoV-2 (ยีน RdRp และ N รวมกัน) อยู่ที่ 87.6% และค่า Ct ของยีน ORF1a/b ของการทดสอบ Sansure Biotech 2019-nCoV แสดงให้เห็นว่าเปอร์เซ็นต์ของค่า Ct ต่ำ (< 20 Ct) อยู่ที่ 50.3% และค่า Ct สูง (36–40 Ct) อยู่ที่ 3.2% 1 เปอร์เซ็นต์ของค่า Ct ต่ำสุด (< 20 Ct) ของการทดสอบ Abbott SARS-CoV-2 (ยีน RdRp และ N รวมกัน) อยู่ที่ 87.6% และค่า Ct ของยีน ORF1a/b ของการทดสอบ Sansure Biotech 2019-nCoV แสดงให้เห็นว่าเปอร์เซ็นต์ของค่า Ct ต่ำ (< 20 Ct) อยู่ที่ 50.3% และค่า Ct สูง (36–40 Ct) อยู่ที่ 3.2%ดังแสดงในรูป1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) และ Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) ปริมาณสาร 3.2% 1. เปอร์เซ็นต์ของการวิเคราะห์ค่า Ct ต่ำสุด (< 20 Ct) ของ Abbott SARS-CoV-2 (ยีนรวม RdRp และ N) อยู่ที่ 87.6% และค่า Ct ของการวิเคราะห์ยีน ORF1a/b ของ Sansure Biotech 2019-nCoV แสดงให้เห็นว่าเปอร์เซ็นต์ของค่า Ct ต่ำ (< 20 Ct) คิดเป็น 50.3% และค่า Ct สูง (36–40 Ct) คิดเป็น 3.2%如示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 ดังแสดงในรูปที่ 1 เปอร์เซ็นต์ค่า Ct ต่ำสุด (< 20 Ct) ของการทดสอบ Abbott SARS-CoV-2 (การรวมกันของยีน RdRp และ N) คือ 87.6% ค่า Ct ของยีน ORF1a/b ของการทดสอบ Sansure Biotech 2019-nCoV แสดงให้เห็นว่าเปอร์เซ็นต์ Ct ต่ำ (< 20 Ct) อยู่ที่ 50.3% เปอร์เซ็นต์ Ct ต่ำ (36–40 Ct) อยู่ที่ 3.2% Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) ใน размере 87.6%, และ Ct гена ORF1a/b ใน исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. ดังที่แสดงในรูปที่ 1 การทดสอบ Abbott SARS-CoV-2 (รวมยีน RdRp และ N) มีค่าเปอร์เซ็นต์ Ct ต่ำที่สุด (< 20 Ct) ที่ 87.6% ในขณะที่ค่า Ct ของยีน ORF1a/b ในการศึกษาวิจัยของ Sansure Biotech ในปี 2019 – การวิเคราะห์ nCoV แสดงให้เห็นว่าค่า Ct ต่ำ ส่วนผสม значений (< 20 Ct) ส่วนผสม 50.3%, ส่วนผสม значений Ct (36–40 Ct) ส่วนผสม 3.2% เปอร์เซ็นต์ค่า (< 20 Ct) อยู่ที่ 50.3% และเปอร์เซ็นต์ค่า Ct สูง (36–40 Ct) อยู่ที่ 3.2%ผลตรวจ Abbott SARS-CoV-2 B พบว่าค่า Ct สูงกว่า 30 ในทางกลับกัน จากการทดสอบ BGI SARS-CoV-2 พบว่ายีน ORF1a/b มีค่า Ct สูง (> 36 Ct) มีเปอร์เซ็นต์อยู่ที่ 4% (รูปที่ 1) ในทางกลับกัน จากการทดสอบ BGI SARS-CoV-2 พบว่ายีน ORF1a/b มีค่า Ct สูง (> 36 Ct) มีเปอร์เซ็นต์อยู่ที่ 4% (รูปที่ 1) С другой стороны, анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). ในทางกลับกัน ในการวิเคราะห์ยีน SARS-CoV-2 ของ BGI พบว่า ORF1a/b มีค่า Ct สูง (> 36 Ct) ซึ่งเป็นเปอร์เซ็นต์ที่ 4% (รูปที่ 1)另一方的BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（จิน1）。 ในทางกลับกัน ในการตรวจหา SARS-CoV-2 ของ BGI เปอร์เซ็นต์ของยีน ORF1a/b ที่มีค่า Ct สูง (>36 Ct) คือ 4% (รูปที่ 1) С другой стороны, анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1). ในทางกลับกัน ในการวิเคราะห์ SARS-CoV-2 ของ BGI พบว่าเปอร์เซ็นต์ของยีน ORF1a/b ที่มีค่า Ct สูง (>36 Ct) อยู่ที่ 4% (รูปที่ 1)
ในการศึกษานี้ เราได้เก็บตัวอย่างจากโพรงหลังจมูกจำนวน 164 ตัวอย่าง สำหรับการทดสอบทุกประเภท การแยกและเพิ่มปริมาณ RNA ดำเนินการโดยใช้วิธีการและชุดอุปกรณ์ที่แนะนำโดยผู้ผลิตแต่ละราย
การศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าชุดตรวจ SARS-CoV-2 ของ Abbott มีประสิทธิภาพในการตรวจจับเช่นเดียวกับ CRS โดยมีค่าความสอดคล้องเป็นบวก ลบ และโดยรวม 100% ค่า Kappa Agreement ของ Cohen อยู่ที่ 1.00 ซึ่งบ่งชี้ว่าสอดคล้องกับ CRS อย่างสมบูรณ์ การศึกษาที่คล้ายกันโดยมหาวิทยาลัยวอชิงตันในสหรัฐอเมริกาพบว่าความไวและความจำเพาะโดยรวมของชุดตรวจ SARS-CoV-2 ของ Abbott อยู่ที่ 93% และ 100% ตามลำดับ เมื่อเทียบกับชุดตรวจที่ตรวจโดยห้องปฏิบัติการ (LDA) ของ CDC 11. ระบบตรวจจับ SARS-CoV-2 ของ Abbott ใช้การตรวจจับยีน N และ RdRp พร้อมกัน เนื่องจากยีนทั้งสองมีความไวมากกว่า จึงลดผลลบลวงให้น้อยที่สุด12 การศึกษาที่กรุงเวียนนา ประเทศออสเตรียยังแสดงให้เห็นว่าปริมาณตัวอย่างสกัดขนาดใหญ่และปริมาณสารละลายที่ใช้ในการตรวจจับช่วยลดผลกระทบจากการเจือจางและเพิ่มประสิทธิภาพในการตรวจจับ13 ดังนั้น การจับคู่ที่สมบูรณ์แบบของ Abbott สำหรับการทดสอบ SARS-CoV-2 สามารถเชื่อมโยงกับระบบตรวจจับแพลตฟอร์มที่ตรวจจับยีนเชิงผสมผสาน สกัดตัวอย่างจำนวนมาก (0.5 มล.) และใช้สารชะจำนวนมาก (40 µl) พร้อมกัน
ผลการทดสอบของเรายังแสดงให้เห็นว่าประสิทธิภาพการตรวจจับของชุดตรวจพันธุกรรม Daan เกือบจะเทียบเท่ากับชุดตรวจ CRS ซึ่งสอดคล้องกับผลการศึกษา14 ที่ดำเนินการที่มหาวิทยาลัยอานฮุยในหวยหนาน ประเทศจีน และคำกล่าวอ้างของผู้ผลิตว่ามีความสอดคล้องกัน 100% แม้จะมีรายงานผลลัพธ์ที่สอดคล้องกัน แต่ตัวอย่างหนึ่งกลับให้ผลลบลวงหลังจากทดสอบซ้ำด้วยสารละลายเดียวกัน แต่กลับให้ผลบวกในการทดสอบ Abbott SARS-CoV-2 และ Sansure Biotech nCoV-2019 ซึ่งชี้ให้เห็นว่าอาจมีความแปรปรวนในผลลัพธ์ในการทดสอบประเภทต่างๆ อย่างไรก็ตาม ในการศึกษาวิจัยที่ดำเนินการในประเทศจีน15 ผลการทดสอบยีน Daan แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) เมื่อเปรียบเทียบกับการทดสอบอ้างอิงที่กำหนดโดยห้องปฏิบัติการ อย่างไรก็ตาม ในการศึกษาวิจัยที่ดำเนินการในประเทศจีน15 ผลการทดสอบยีน Daan แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) เมื่อเปรียบเทียบกับการทดสอบอ้างอิงที่กำหนดโดยห้องปฏิบัติการ Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. อย่างไรก็ตาม ในการศึกษาวิจัยในประเทศจีน15 ผลการวิเคราะห์ของ Daan Gene แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) จากการวิเคราะห์อ้างอิงในห้องปฏิบัติการ然而，其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）。然而，其实验室定义的参考检测相比มี显着差 <0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. อย่างไรก็ตาม จากการศึกษาวิจัยในประเทศจีน15 พบว่าผลการทดสอบทางพันธุกรรมของ Daan แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) เมื่อเปรียบเทียบกับการทดสอบในห้องปฏิบัติการอ้างอิงความคลาดเคลื่อนนี้อาจเกิดจากความไวของการทดสอบอ้างอิงในการตรวจหา SARS-CoV-2 และอาจมีความสำคัญในการศึกษาวิจัยเพิ่มเติมเพื่อระบุสาเหตุ
นอกจากนี้ การศึกษาของเรายังได้ประเมินประสิทธิภาพการเปรียบเทียบระหว่างการทดสอบ SARS-CoV-2 BGI กับ CRS ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความสอดคล้องเป็นเปอร์เซ็นต์เชิงบวกที่ยอดเยี่ยม (PPA = 97.9%), ความสอดคล้องเป็นเปอร์เซ็นต์เชิงลบ (NPA = 100%) และความสอดคล้องเป็นเปอร์เซ็นต์โดยรวมตามเพศ (OPA) ) = 98.8%) ค่า Cohen's Kappa แสดงให้เห็นถึงความสอดคล้องที่ดี (K = 0.975) การศึกษาในเนเธอร์แลนด์16 และจีน15 แสดงให้เห็นผลลัพธ์ที่สอดคล้องกัน การทดสอบ SARS-CoV-2 BGI เป็นการทดสอบการตรวจหายีนเดี่ยว (ORF1a/b) โดยใช้สารละลายเพิ่มปริมาณ/ตรวจหา 10 ไมโครลิตร แม้จะมีความสอดคล้องทางสถิติที่ดีกับผลอ้างอิงของเรา แต่การวิเคราะห์กลับพลาดตัวอย่างเชิงบวกสองตัวอย่าง (1.22%) ของตัวอย่างทั้งหมด ซึ่งอาจส่งผลกระทบทางคลินิกอย่างมากต่อพลวัตการแพร่เชื้อทั้งในระดับผู้ป่วยและชุมชน
การวิเคราะห์เปรียบเทียบอีกชิ้นหนึ่งที่รวมอยู่ในการศึกษานี้คือการทดสอบ Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) ซึ่งให้เปอร์เซ็นต์การจับคู่โดยรวมอยู่ที่ 96.3% ความแข็งแกร่งของความสอดคล้องยังถูกกำหนดโดยค่า Cohen's Kappa ซึ่งอยู่ที่ 0.925 ซึ่งบ่งชี้ความสอดคล้องอย่างสมบูรณ์กับ CRS ผลการศึกษาของเรามีความคล้ายคลึงกับการศึกษาที่ดำเนินการที่มหาวิทยาลัยเซ็นทรัลเซาท์ ในเมืองฉางชา ประเทศจีน และที่แผนกห้องปฏิบัติการทางคลินิกของโรงพยาบาลประชาชนหลิวโจว เมืองหลิวโจว ประเทศจีน17 แม้ว่าจะบันทึกความสอดคล้องทางสถิติที่ดีข้างต้น แต่การทดสอบไคสแควร์ (การทดสอบ MacNemar) แสดงให้เห็นว่าผลลัพธ์ของการทดสอบ Sansure Biotech มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.005) แม้ว่าจะบันทึกความสอดคล้องทางสถิติที่ดีข้างต้น แต่การทดสอบไคสแควร์ (การทดสอบ MacNemar) แสดงให้เห็นว่าผลลัพธ์ของการทดสอบ Sansure Biotech มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.005) Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005) แม้ว่าจะบันทึกข้อตกลงทางสถิติที่ดีข้างต้นได้ แต่การทดสอบไคสแควร์ (การทดสอบ McNemar) แสดงให้เห็นว่าผลลัพธ์ของการทดสอบ Sansure Biotech มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.005)尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. แม้ว่าจะมีการตกลงทางสถิติที่ดีดังที่กล่าวไว้ข้างต้น การทดสอบไคสแควร์ (การทดสอบ McNemar) แสดงให้เห็นความแตกต่างที่มีนัยสำคัญทางสถิติ (p < 0.005) ระหว่างการทดสอบ Sansure Biotech และ CRSพบว่าตัวอย่าง 6 ตัวอย่าง (3.66%) ให้ผลลบลวงเมื่อเทียบกับ CRS (ตารางเสริม 1) ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อพิจารณาถึงพลวัตของการแพร่เชื้อไวรัส ข้อมูลข้างต้นยังสนับสนุนอัตราการตรวจพบที่ต่ำนี้ด้วย15
ในการศึกษานี้ ค่า Ct ถูกกำหนดสำหรับแต่ละชุดทดสอบและแพลตฟอร์มที่เกี่ยวข้อง โดยค่า Ct เฉลี่ยต่ำสุดที่รายงานในชุดทดสอบ Abbott SARS-CoV-2 ผลลัพธ์นี้อาจเกี่ยวข้องกับระบบการตรวจทางพันธุกรรมแบบผสมพร้อมกันของ Abbott สำหรับการตรวจจับ SARS-CoV-2 ดังนั้น จากรูปที่ 1 ผลการตรวจ SARS-CoV-2 ของ Abbott 87.6% มีค่า Ct ต่ำกว่า 20 มีเพียงตัวอย่างจำนวนเล็กน้อย (12.4%) เท่านั้นที่อยู่ในช่วง 20-30 และไม่มีการบันทึกค่า Ct ที่สูงกว่า 30 นอกจากการใช้รูปแบบการตรวจทางพันธุกรรมของ Abbott SARS-CoV-2 panel แล้ว ผลลัพธ์นี้อาจเกี่ยวข้องกับขีดจำกัดการตรวจจับที่ต่ำกว่า (32.5 สำเนา RNA/มล.)18 ซึ่งต่ำกว่าขีดจำกัดการตรวจจับที่ต่ำกว่าของบริษัทที่ 100 สำเนา RNA/มล. ถึงสามเท่า (มล.)19
การศึกษานี้มีข้อจำกัดบางประการ ประการแรก เราไม่มีวิธีมาตรฐาน/วิธีอ้างอิง [เช่น ปริมาณไวรัส หรือการทดสอบในห้องปฏิบัติการอื่นๆ (LDA)] เนื่องจากขาดแคลนทรัพยากร ประการที่สอง ตัวอย่างทั้งหมดที่ใช้ในการศึกษานี้คือตัวอย่างจากโพรงจมูก (nasopharyngeal swab) ในขณะที่ผลการศึกษาไม่สามารถนำไปประยุกต์ใช้กับตัวอย่างประเภทอื่นได้ และประการที่สาม ขนาดของกลุ่มตัวอย่างของเรามีขนาดเล็ก
การศึกษานี้เปรียบเทียบประสิทธิภาพของการทดสอบ rRT-PCR สี่วิธีสำหรับ SARS-CoV-2 โดยใช้ตัวอย่างจากโพรงจมูก การทดสอบการตรวจจับทั้งหมดมีประสิทธิภาพใกล้เคียงกัน ยกเว้นการทดสอบของ Sansure Biotech นอกจากนี้ อัตราการเป็นบวกต่ำยังถูกระบุในการทดสอบ Sansure Biotech เมื่อเปรียบเทียบกับ CRS (p < 0.05) นอกจากนี้ อัตราการเป็นบวกต่ำยังถูกระบุในการทดสอบ Sansure Biotech เมื่อเปรียบเทียบกับ CRS (p < 0.05) Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). นอกจากนี้ การทดสอบ Sansure Biotech ยังแสดงผลลัพธ์เชิงบวกเป็นเปอร์เซ็นต์ต่ำเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.05)此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). นอกจากนี้ การทดสอบ Sansure Biotech ยังมีอัตราการเป็นบวกต่ำกว่าเมื่อเทียบกับ CRS (p < 0.05)ผลการวิเคราะห์ PPA, NPA และข้อตกลงโดยรวมของ Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) สูงกว่า 93.5% โดยมีค่า Cohen Kappa strength of agreement เท่ากับ 0.925 นอกจากนี้ Sansure Biotech Assay (RUO) ยังจำเป็นต้องได้รับการตรวจสอบเพิ่มเติมสำหรับการใช้งานในเอธิโอเปีย และควรพิจารณาการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อประเมินข้อเรียกร้องจากผู้ผลิตแต่ละราย
การออกแบบการศึกษาเชิงเปรียบเทียบได้ดำเนินการที่สถานพยาบาลสี่แห่งในกรุงแอดดิสอาบาบา ได้แก่ โรงพยาบาลเอกา โกเตเบ ศูนย์รักษาผู้ป่วยโรคมิเลนเนียม เชิร์ช โรงพยาบาลเซวูดิตู เมโมเรียล และโรงพยาบาลเฉพาะทางวัณโรคเซนต์ปีเตอร์ ข้อมูลถูกเก็บรวบรวมระหว่างวันที่ 1 ถึง 31 ธันวาคม 2563 สถานพยาบาลสำหรับการศึกษานี้ได้รับการคัดเลือกอย่างมีจุดประสงค์โดยพิจารณาจากจำนวนผู้ป่วยที่สูงและความพร้อมของศูนย์รักษาหลักในเมือง ในทำนองเดียวกัน เครื่องมือต่างๆ รวมถึงเครื่องมือ ABI 7500 และ Abbott m2000 real-time PCR ได้รับการคัดเลือกตามคำแนะนำของผู้ผลิตน้ำยา NAAT และเลือกชุดตรวจ PCR จำนวนสี่ชุดสำหรับการศึกษานี้ เนื่องจากห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่ในเอธิโอเปียใช้ชุดตรวจเหล่านี้อย่างน้อยสี่ชุด (การทดสอบยีน, การทดสอบ Abbott SARS-CoV-2, การทดสอบ Sansure Biotech และการทดสอบ SARS-CoV-2 BGI ที่ดำเนินการในระหว่างการศึกษา)
การตรวจหาเชื้อ SARS-CoV-2 ดำเนินการระหว่างวันที่ 1 ถึง 30 ธันวาคม 2563 โดยใช้ Viral Transport Medium (VTM) ปริมาณ 3 มล. (Miraclean Technology, Shenzhen, China) จากบุคคลที่อยู่ระหว่างการสอบสวนโรคโควิด-19 ที่ถูกส่งตัวมายัง EPHI ตัวอย่างจากโพรงจมูกจะถูกเก็บโดยผู้เก็บตัวอย่างที่ผ่านการฝึกอบรมและส่งไปยัง EPHI ในแพ็คสามชุด ก่อนการแยกกรดนิวคลีอิก ตัวอย่างแต่ละตัวอย่างจะได้รับหมายเลขประจำตัวที่ไม่ซ้ำกัน การสกัดจะดำเนินการทันทีเมื่อมาถึงโดยใช้วิธีการสกัดแบบแมนนวลและแบบอัตโนมัติ ดังนั้น สำหรับการสกัด Abbott m2000 แบบอัตโนมัติ ตัวอย่าง 1.3 มล. (รวมปริมาตรตาย 0.8 มล. และปริมาตรทางเข้า 0.5 มล.) จะถูกสกัดออกจากแต่ละตัวอย่างและผ่านระบบเตรียมตัวอย่างดีเอ็นเอของ Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA) ) ชุดตัวอย่างจำนวน 96 ตัวอย่าง [92 ตัวอย่าง, ตัวควบคุมการตรวจจับสองชุด และตัวควบคุมที่ไม่ใช่เทมเพลต (NTC) สองชุด] ถูกรวมอยู่ในกระบวนการโดยรวม (การดึงและการตรวจจับ) ของ SARS-CoV-2 (EUA) สองรอบแบบเรียลไทม์ ในทำนองเดียวกัน สำหรับการสกัดด้วยมือ ให้ใช้ตัวอย่างเดียวกัน (สำหรับการสกัดและการค้นพบโดยอัตโนมัติ) ดังนั้น ตลอดกระบวนการ ตัวอย่าง 140 ไมโครลิตรจึงถูกแบ่งส่วนและสกัดโดยใช้ชุด QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germany) แบ่งเป็นชุดละ 24 ตัวอย่าง (ประกอบด้วย 20 ตัวอย่าง, ตัวควบคุมสำหรับการทดสอบสองชุด และ NTC สองชุด) ในเก้ารอบ สารละลายที่สกัดด้วยมือถูกเพิ่มปริมาณและตรวจจับโดยใช้เครื่อง ABI 7500 thermal cycler โดยใช้ชุดทดสอบ SARS-CoV-2 BGI, ชุดทดสอบ Daan Gene และชุดทดสอบ Sansure Biotech
การแยกและการทำให้บริสุทธิ์ RNA ของไวรัส SARS-CoV-2 โดยอัตโนมัติเป็นไปตามหลักการของลูกปัดแม่เหล็กโดยใช้สารเตรียมตัวอย่างดีเอ็นเอของ Abbott การทำให้ตัวอย่างและอนุภาคไวรัสละลายได้จะดำเนินการโดยใช้สารซักฟอกที่มีกัวนิดีนไอโซไทโอไซยาเนตเพื่อเปลี่ยนสภาพโปรตีนและทำให้ RNase ไม่ทำงาน จากนั้น RNA จะถูกแยกออกจากโปรตีนโดยการแยกเฟสของแข็งโดยใช้ซิลิกา เช่น เกลือกัวนิดีเนียม และค่า pH ที่เป็นด่างของบัฟเฟอร์ไลซิสจะส่งเสริมการจับตัวของกรดนิวคลีอิกกับซิลิกา (SiO2) ขั้นตอนการล้างจะกำจัดโปรตีนและเศษที่เหลือออกเพื่อให้ได้สารละลายใส RNA โปร่งใสจะถูกแยกออกจากไมโครอนุภาคที่มีซิลิกาโดยใช้สนามแม่เหล็กของเครื่องมือ20,21 ในทางกลับกัน การแยกและการทำให้บริสุทธิ์ RNA ด้วยมือจะดำเนินการโดยวิธีคอลัมน์หมุนโดยใช้การปั่นเหวี่ยงแทนการใช้แท่นแม่เหล็กและการแยกไมโครอนุภาคออกจากสารละลาย
การทดสอบตรวจหาเชื้อ SARS-CoV-2 แบบเรียลไทม์ของ Abbott (Abbott Molecular, Inc.) ดำเนินการตามคำแนะนำของผู้ผลิต ซึ่งได้รับ EUA19,22 จาก WHO และ FDA ในโปรโตคอลนี้ การทำให้ตัวอย่างหมดฤทธิ์ก่อนการสกัดจะดำเนินการในอ่างน้ำที่อุณหภูมิ 56 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 30 นาที หลังจากการทำให้ไวรัสหมดฤทธิ์แล้ว ได้ทำการสกัดกรดนิวคลีอิกด้วยเครื่อง Abbott m2000 SP จาก VTM ปริมาตร 0.5 มิลลิลิตร โดยใช้ระบบเตรียมตัวอย่างดีเอ็นเอ Abbott m2000 ตามที่ผู้ผลิตระบุ การขยายและการตรวจจับดำเนินการโดยใช้เครื่อง Abbott m2000 RT-PCR และการตรวจจับแบบคู่สำหรับยีน RdRp และ N ยีน ROX) และ VIC P (สีย้อมที่เป็นกรรมสิทธิ์) สำหรับการกำหนดเป้าหมายและการตรวจจับตัวควบคุมภายใน ทำให้สามารถตรวจจับผลิตภัณฑ์การขยายพันธุ์ทั้งสองได้พร้อมกัน 19
วิธีการตรวจจับการขยายสัญญาณของชุดทดสอบนี้ใช้เทคโนโลยี RT-PCR แบบขั้นตอนเดียว Daan Gene Technology ได้เลือกยีน ORF1a/b และ N ให้เป็นบริเวณอนุรักษ์เพื่อตรวจจับการขยายสัญญาณในบริเวณเป้าหมาย ไพรเมอร์และโพรบฟลูออเรสเซนต์เฉพาะ (โพรบยีน N ติดฉลาก FAM และโพรบ ORF1a/b ติดฉลาก VIC) ได้รับการออกแบบเพื่อตรวจจับ SARS-CoV-2 RNA ในตัวอย่าง สารชะล้างขั้นสุดท้ายและส่วนผสมหลักถูกเตรียมโดยการเติมสารชะล้าง 5 ไมโครลิตรลงในส่วนผสมหลัก 20 ไมโครลิตร จนได้ปริมาตรสุดท้าย 25 ไมโครลิตร การขยายสัญญาณและการตรวจจับดำเนินการพร้อมกันบนเครื่อง PCR แบบเรียลไทม์ ABI 750024
ตรวจพบยีน ORF1a/b และ N โดยใช้ชุดตรวจวินิจฉัยกรดนิวคลีอิก Sansure Biotech nCoV-2019 (การตรวจหาฟลูออเรสเซนต์ PCR) เตรียมโพรบเฉพาะสำหรับแต่ละยีนเป้าหมายโดยเลือกช่อง FAM สำหรับบริเวณ ORF1a/b และช่อง ROX สำหรับยีน N ในชุดตรวจนี้ จะมีการเติมสารชะและสารรีเอเจนต์ผสมหลักดังนี้: เตรียมสารชะ 30 ไมโครลิตร และตัวอย่างที่ชะแล้ว 20 ไมโครลิตร เพื่อตรวจหา/เพิ่มปริมาณ ใช้ Real-time PCR ABI 750025 สำหรับการเพิ่มปริมาณ/ตรวจหา
ชุดตรวจ SARS-CoV-2 BGI เป็นชุดตรวจ rRT-PCR แบบเรียลไทม์แบบเรืองแสงสำหรับการวินิจฉัยโรคโควิด-19 บริเวณเป้าหมายอยู่ที่บริเวณ ORF1a/b ของจีโนม SARS-CoV-2 ซึ่งเป็นวิธีการตรวจหายีนเดี่ยว นอกจากนี้ ยีน β-actin ซึ่งเป็นยีนที่ทำหน้าที่ดูแลความสะอาดของมนุษย์ เป็นยีนเป้าหมายที่ถูกควบคุมภายใน ชุดตรวจมาสเตอร์มิกซ์เตรียมโดยการผสมน้ำยามาสเตอร์มิกซ์ 20 ไมโครลิตร และตัวอย่าง RNA ที่สกัดได้ 10 ไมโครลิตร ในจานเพาะเชื้อแบบหลุม26 ใช้เครื่องมือ ABI 7500 ฟลูออเรสเซนต์เชิงปริมาณแบบเรียลไทม์ PCR สำหรับการขยายและตรวจหา การขยายกรดนิวคลีอิกทั้งหมด สภาวะการทำงาน PCR สำหรับชุดตรวจแต่ละชุด และการแปลผล ดำเนินการตามคำแนะนำของผู้ผลิตแต่ละราย (ตารางที่ 3)
ในการวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบนี้ เราไม่ได้ใช้วิธีมาตรฐานอ้างอิงในการกำหนดเปอร์เซ็นต์ความสอดคล้อง (บวก ลบ และโดยรวม) และพารามิเตอร์การเปรียบเทียบอื่นๆ สำหรับการวิเคราะห์ทั้งสี่แบบ การเปรียบเทียบการทดสอบแต่ละครั้งดำเนินการโดยใช้ CRS ในการศึกษานี้ CRS ถูกกำหนดโดยใช้กฎ “ผลบวกใดๆ” และผลลัพธ์ถูกกำหนดโดยไม่ได้ใช้การทดสอบเพียงครั้งเดียว เราใช้ผลการทดสอบที่ตรงกันอย่างน้อยสองชุด นอกจากนี้ ในกรณีของการติดเชื้อโควิด-19 ผลลบลวงนั้นอันตรายกว่าผลบวกลวง ดังนั้น เพื่อให้การระบุว่า “ผลบวก” ถูกต้องที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้จากผล CRS จะต้องมีการทดสอบอย่างน้อยสองชุดที่เป็นบวก ซึ่งหมายความว่าอย่างน้อยหนึ่งชุดที่เป็นบวกน่าจะมาจากการทดสอบ EUA ดังนั้น จากผลการทดสอบสี่ชุด ผลการทดสอบสองชุดหรือมากกว่าที่ให้ผลลัพธ์เดียวกันจะถือว่าเป็นผลบวกจริงหรือลบ18,27
รวบรวมข้อมูลโดยใช้แบบฟอร์มสกัดข้อมูลแบบมีโครงสร้าง ป้อนข้อมูลและวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้โปรแกรมสถิติ Excel และโปรแกรม SPSS เวอร์ชัน 23.0 สำหรับสถิติเชิงพรรณนา วิเคราะห์ค่าความสอดคล้องเชิงบวก เชิงลบ และเปอร์เซ็นต์โดยรวม และใช้คะแนน Kappa เพื่อประเมินระดับความสอดคล้องของแต่ละวิธีกับ CRS ค่า Kappa ตีความได้ดังนี้: 0.01 ถึง 0.20 สำหรับความสอดคล้องเล็กน้อย 0.21 ถึง 0.40 สำหรับความสอดคล้องทั่วไป 0.41-0.60 สำหรับความสอดคล้องปานกลาง 0.61-0.80 สำหรับความสอดคล้องหลัก และ 0.81-0.99 สำหรับความสอดคล้องสมบูรณ์28
ได้รับการรับรองด้านจริยธรรมจากมหาวิทยาลัยแอดดิสอาบาบา และระเบียบวิธีการทดลองทั้งหมดสำหรับการศึกษานี้ได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการพิจารณาจริยธรรมทางวิทยาศาสตร์ของสถาบันสาธารณสุขเอธิโอเปีย หมายเลขอ้างอิงสำหรับใบอนุญาตจริยธรรมของ EPHI คือ EPHI/IRB-279-2020 วิธีการทั้งหมดถูกนำไปใช้ตามคำแนะนำและบทบัญญัติของแนวทางปฏิบัติที่ครอบคลุมแห่งชาติเอธิโอเปียสำหรับการรักษาโควิด-19 นอกจากนี้ ผู้เข้าร่วมการศึกษาทุกคนยังได้รับความยินยอมเป็นลายลักษณ์อักษรอย่างครบถ้วนก่อนเข้าร่วมการศึกษา
ข้อมูลทั้งหมดที่ได้หรือวิเคราะห์ในการศึกษานี้รวมอยู่ในบทความที่ตีพิมพ์นี้ ข้อมูลสนับสนุนผลการศึกษานี้สามารถขอได้จากผู้เขียนแต่ละท่านเมื่อได้รับการร้องขอตามสมควร
องค์การอนามัยโลก คำแนะนำสำหรับกลยุทธ์การตรวจทางห้องปฏิบัติการสำหรับโรคโควิด-19: คำแนะนำชั่วคราว 21 มีนาคม 2563 เลขที่ WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020)
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. และ Gourgoulianis, KI การวินิจฉัย COVID-19 อย่างชาญฉลาดในแผนกฉุกเฉิน: การปฏิบัติทั้งหมด Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. และ Gourgoulianis, KI การวินิจฉัย COVID-19 อย่างชาญฉลาดในแผนกฉุกเฉิน: การปฏิบัติทั้งหมดMuliou, DS, Pantazopoulos, I. และ Gurgulianis, KI การวินิจฉัย COVID-19 อย่างชาญฉลาดในแผนกฉุกเฉิน: ทุกอย่างในทางปฏิบัติMuliou DS, Pantazopoulos I. และ Gurgulyanis KI การวินิจฉัยโรคโควิด-19 อย่างชาญฉลาดในแผนกฉุกเฉิน: การบูรณาการแบบครบวงจรในทางปฏิบัติ ผู้เชี่ยวชาญ Reverend Respire. การแพทย์ 3, 263–272 (2022)
Mitchell, SL และ St George, K. การประเมินการทดสอบ COVID19 ID NOW EUA Mitchell, SL และ St George, K. การประเมินการทดสอบ COVID19 ID NOW EUAMitchell, SL และ St. George, K. การประเมินการทดสอบ COVID19 ID NOW EUAMitchell SL และ St. George K. การประเมินการทดสอบ COVID19 ID NOW EUA J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. การตรวจหาเชื้อไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ 2019 (COVID-19) ในมนุษย์ที่ต้องสงสัยในห้องปฏิบัติการ. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (เข้าถึงเมื่อ 15 สิงหาคม 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. และคณะ การวินิจฉัย COVID-19: โรคและเครื่องมือตรวจ ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020)
Syed S. และคณะ การจัดตั้งวิทยาลัยพยาธิวิทยาแห่งแอฟริกาตะวันออก แอฟริกากลาง และแอฟริกาใต้ – โรงเรียนพยาธิวิทยาประจำภูมิภาคตะวันออกกลางและแอฟริกาใต้ แอฟริกา. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020)
สถาบันสาธารณสุขเอธิโอเปีย กระทรวงสาธารณสุขสหพันธรัฐ ยุทธศาสตร์และแนวทางการวินิจฉัยโรคโควิด-19 ในห้องปฏิบัติการชั่วคราว https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (เข้าถึงเมื่อ 12 สิงหาคม 2563) (EPHI, 2563)
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS การทดสอบผลลบเท็จสำหรับความท้าทายและผลกระทบของการติดเชื้อ SARS-CoV-2 Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS การทดสอบผลลบเท็จสำหรับความท้าทายและผลกระทบของการติดเชื้อ SARS-CoV-2Voloshin S., Patel N. และ Kesselheim AS การทดสอบผลลบเทียมสำหรับการติดเชื้อ SARS-CoV-2 และผลที่ตามมาVoloshin S., Patel N. และ Kesselheim AS การทดสอบผลลบเท็จสำหรับการกระตุ้นและผลกระทบของการติดเชื้อ SARS-CoV-2 N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS และ Gourgoulianis, KI กรณี COVID-19 ที่เป็นผลบวกปลอมและผลลบปลอม: กลยุทธ์การป้องกันและการจัดการระบบทางเดินหายใจ การฉีดวัคซีน และมุมมองเพิ่มเติม Mouliou, DS และ Gourgoulianis, KI กรณี COVID-19 ที่เป็นผลบวกปลอมและผลลบปลอม: กลยุทธ์การป้องกันและการจัดการระบบทางเดินหายใจ การฉีดวัคซีน และมุมมองเพิ่มเติม Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Моложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI กรณีผลบวกปลอมและผลลบปลอมของ COVID-19: กลยุทธ์การป้องกันและการรักษาทางเดินหายใจ การฉีดวัคซีนและแนวทางข้างหน้าMuliu, DS และ Gurgulianis, KI กรณีผลบวกลวงและผลลบลวงของ COVID-19: กลยุทธ์สำหรับการป้องกันและรักษาโรคทางเดินหายใจ การฉีดวัคซีน และแนวทางข้างหน้า Expert Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. การวินิจฉัย COVID-19 ในแผนกฉุกเฉิน: เห็นต้นไม้แต่สูญเสียป่า Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. การวินิจฉัย COVID-19 ในแผนกฉุกเฉิน: เห็นต้นไม้แต่สูญเสียป่าMouliou, DS, Ioannis, P. และ Konstantinos, G. การวินิจฉัย COVID-19 ในแผนกฉุกเฉิน: เห็นต้นไม้ สูญเสียป่าMuliou DS, Ioannis P. และ Konstantinos G. การวินิจฉัยโรคโควิด-19 ในห้องฉุกเฉิน: ป่าไม่เพียงพอสำหรับต้นไม้ ปรากฏ. การแพทย์. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. และคณะ การตรวจสอบความถูกต้องและการยืนยันประสิทธิภาพการวิเคราะห์และทางคลินิกของ Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. การเปรียบเทียบชุดไพรเมอร์ 5 ชุดจากบริเวณจีโนมที่แตกต่างกันของ COVID-19 สำหรับการตรวจหาการติดเชื้อไวรัสด้วย RT-PCR ทั่วไป Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. การเปรียบเทียบชุดไพรเมอร์ 5 ชุดจากบริเวณจีโนมที่แตกต่างกันของ COVID-19 สำหรับการตรวจหาการติดเชื้อไวรัสด้วย RT-PCR ทั่วไปMollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. และ Aflatunyan, B. การเปรียบเทียบไพรเมอร์ห้าชุดจากภูมิภาคต่างๆ ของจีโนม COVID-19 สำหรับการตรวจหาการติดเชื้อไวรัสด้วย RT-PCR ทั่วไป Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. ความรู้เรื่องโควิด-19不同基因组区域的个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. การเปรียบเทียบ 5 บริเวณทางพันธุกรรมที่แตกต่างกันของ COVID-19 เพื่อตรวจหาการติดเชื้อไวรัสด้วย RT-PCR ทั่วไปMollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. และ Aflatunyan B. การเปรียบเทียบไพรเมอร์ 5 ชุดจากภูมิภาคต่างๆ ของจีโนม COVID-19 สำหรับการตรวจหาการติดเชื้อไวรัสด้วย RT-PCR ทั่วไปอิหร่าน. J. จุลชีววิทยา. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. และคณะ ผลเบื้องต้นของโครงการประเมินคุณภาพภายนอกระดับชาติสำหรับการตรวจหาลำดับจีโนมของ SARS-CoV-2 J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. และคณะ การประเมินเชิงวิเคราะห์ประสิทธิภาพของชุด RT-PCR จำนวน 5 ชุด สำหรับโรคทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรงจากไวรัสโคโรนา 2019 J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. และคณะ การประเมินชุดตรวจหาเชื้อ SARS-CoV-2 RNA จำนวน 7 ชุดที่วางจำหน่ายในจีน โดยอาศัยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสแบบเรียลไทม์ (PCR) ทางคลินิก เคมี ห้องปฏิบัติการ การแพทย์ 58(9), e149–e153 (2020)
van Casteren, PB และคณะ การเปรียบเทียบชุดตรวจวินิจฉัยโควิด-19 ด้วยวิธี RT-PCR เชิงพาณิชย์เจ็ดชุด J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu และคณะ การเปรียบเทียบประสิทธิภาพการวินิจฉัยของชุด PCR สองชุดสำหรับการตรวจหากรดนิวคลีอิก SARS-CoV-2 J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR และคณะ การศึกษาเปรียบเทียบแพลตฟอร์มการทดสอบการขยายกรดนิวคลีอิกของ SARS-CoV-2 (NAAT) สี่แพลตฟอร์ม แสดงให้เห็นว่าประสิทธิภาพของ ID NOW ลดลงอย่างมีนัยสำคัญ ขึ้นอยู่กับประเภทของผู้ป่วยและตัวอย่าง การวินิจฉัย จุลชีววิทยา การติดเชื้อ ดิส 99(1), 115200 (2021)
โมเลกุลของ Abbott เอกสารกำกับชุดการวิเคราะห์ SARS-CoV-2 แบบเรียลไทม์ของ Abbott https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (ข้อมูล ณ วันที่ 10 สิงหาคม 2020) (2020)
Klein, S. และคณะ การแยก RNA ของ SARS-CoV-2 โดยใช้ลูกปัดแม่เหล็กเพื่อการตรวจจับขนาดใหญ่อย่างรวดเร็วด้วย RT-qPCR และ RT-LAMP ไวรัส 12(8), 863 (2020)